最基本的益生元为碳水化合物，但定义并不排除被用作益生元的非碳水化合物物质。理论上来讲，任何可以减少现在有害菌种，而有益于促进健康的菌种或活动的物质都可以叫做益生元。

此定义并没有侧重地强调某一特定的菌种。然而由于双歧杆菌和乳酸菌被认为对人体有很多有益的影响，所以一般的益生元被假设认为能促进此两种菌数量的增加或是其活性的增强。可以促进（生成促进）双歧杆菌的物质被认为为双歧因子。一些益生元可以作为双歧因子，反之亦然。但这两个概念并不相同，见下说明。

一般可以这么认为，益生元给益生菌提供“食物”,能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌生长繁殖。大家所熟悉的双歧因子就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。而异麦芽低聚糖和低聚果糖是益生元中最为优异的代表。

益生元（Prebiotics）是指不易被消化的食品成分，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康的物质。

益生元主要包括各种寡糖类物质（Oligosaccharides）或称低聚糖（由2～10个分子单糖组成）。更概括的说法是功能性低聚糖。术语释意

相关术语

双歧因子：任何促进双歧杆菌生长的成份

非消化性聚糖 (NDOs):不能被小肠消化而直接进入大肠的短链碳水化合物

认识误区

所有益生元都是双歧杆菌促进性的 :

对寄主（人体）有益，并不一定是可以促进双歧杆菌。对其他菌种的促进同样可以是有有益效应的。因此益生元不一定有双歧杆菌促进性。

双歧因子都属益生元 :

双歧因子可以增加小肠或其他情况下（如发酵的乳制品中）的双歧杆菌数量。当小肠中的双歧杆菌得到促进时，该双歧因子可以被认为是益生元，但只有在这种促进是有益于寄主（人体）的前提下。其他状况下的双歧因子并不是益生元。

非消化性寡糖（NDOs）都有双歧杆菌促进性或都是益生元 :

非消化性寡糖可以促进有益菌从而产生有益效应，这种情况下它们可以被认为是益生元。非消化性寡糖同样可以促进有害菌而产生有害效应（如在乳糖不耐症中）。NDOs 可以促进双歧杆菌因而可以被称为双歧因子，但并不一定是益生元。 NDOs 也可以对肠菌落无任何作用。

所以，取决于不同种类， NDOs 可能是益生元，双歧因子，有害的或是无活性的。

定义同样指出代谢活动的改变可能改善寄主健康。意思是说并没有明确特定某菌种需要被刺激促进，而是肠菌落的代谢功能作为一个整体的改变。这通常是指碳水化合物发酵的提高和蛋白质降解与发酵的减少。

碳水化合物的发酵一般产生无害或有益的终产物，然而蛋白质发酵则导致潜在的有害物质的生成。(见图<朦胧雨中人上传-细菌发酵蛋白质与碳水化合物示意图。其中划线物质主要来源于蛋白质发酵。>)。

硫化氢气体有很强的活性可以对肠产生不良作用。其他气体如氢气，二氧化碳和甲烷除可以产生胃胀气外无其他负作用。短链脂肪酸和乳酸盐对肠菌落（降低 pH 值，使肠环境更酸性化）和肠细胞（需要短链脂肪酸作为能量物质）都有有益作用。乙醇可迅速地被其它肠细菌代谢到而对寄主（人体）无作用。支链脂肪酸，氨，胺，酚类和吲哚则刺激肠细胞，诱导有机体突变或是在高浓度情况下对对免疫系统产生危害。

这就是为什么需要加强碳水化合物发酵而抑制蛋白质发酵。代谢活动的改变也不一定与有益菌种数量的增加有关。